Tahun 2016 dana penelitian Indonesia hanya mencapai 0,25% dari Produk Domestik Bruto (PDB) atau senilai Rp24,92 triliun. Nilai tersebut sangat rendah dibandingkan dengan negara lain seperti Singapura (2,012%), Thailand (0,442%) ataupun Vietnam (0,374%). Selain itu, hanya 43,74% dari Rp24.93 triliun yang dialokasi untuk kegiatan penelitian.
Sisanya justru digunakan untuk belanja belanja operasional (30,68%), belanja jasa iptek (13,17%), belanja modal (6,65%), belanja pendidikan dan pelatihan (5,77%). Selain nilai anggaran penelitian yang rendah, penggunaan dana penelitian juga bermasalah. Permasalahan-permasalahan tersebut telah terkonfirmasi oleh hasil kajian yang dilakukan oleh KPK, bahwa permasalahan dana penelitian didominasi oleh permasalahan tata kelola dan ketidakjelasan regulasi yang akan berdampak pada rendahnya nilai manfaat hasil penelitian, pemborosan anggaran dan kerugian negara. Permasalahan lain terjadi pula akibat tidak jelasnya pengaturan lembaga penelitian, sehingga penelitian menjadi tumpang tindih dan tidak terkoordinasi.
